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发表时间: 2015-05-17 11:50:56
作者: 香港时代医疗集团
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454 GS FLX+ 是基于焦磷酸测序原理建立的高通量基因组测序系统,其主要应用的领域包括微生物群落多样性分析(16s, 18s, ITS)、复杂环境样品的宏基因组学研究等。
Roche 454 GS FLX+ 测序平台是罗氏旗下的454生命科学推出的最新升级版测序仪,该仪器的最大读长能够达到1000bp,测序准确性高达99.997%,达到了与Sanger相当的长度与准确性,并降低了测序成本,从而集一代sanger测序读长及质量优势与二代测序高通量特点于一身。
454 GS FLX+ 是基于焦磷酸测序(Pyrosequencing) 原理建立的高通量基因组测序系统,依靠生物发光进行DNA序列分析的技术:在多种酶的协同作用下,当碱基正确配对时,发生一个合成反应和一个化学发光反应的偶联,释放光信号。光信号实时被高灵敏度CCD捕获,最终达到测序的目的。基于454 GS FLX+ 较长读长的特点,其主要应用的领域包括:微生物群落多样性分析(16s, 18s, ITS)、复杂环境样品的宏基因组学研究、微生物基因组的de novo测序、转录组测序研究,此外还可应用于外显子测序、目标区域捕获、病原菌检测等研究。
性能参数
系统GS FLX+ System | ||
测序试剂 | GS FLX Titanium XL+ | GS FLX Titanium XLR70 |
读长 | 最大读长1,000bp Mode读长700bp | 最大读长600bp Mode读长450bp |
Reads/run | ~1,000,000 Shotgun | ~1,000,000 Shotgun ~700,000 amplicon |
读长参数 | 85%read读长>500bp 45%read 读长>700bp | 85%read读长>300bp 20%read读长>500bp |
典型数据量/run | 700Mb | 450Mb |
一致性准确率 | 99.997% | 99.995% |
周期 | 23 h/run | 10h/run |
测序样品 | gDNA或者cDNA | gDNA, cDNA, 或者amplicons (PCR products) |
样品混合测序 | MIDs( Multiplex Indetifiers ):132种 分区:2, 4, 8, 16个 |
数据来自454官方网站。实际情况取决于不同的样品和基因组特点;一致性准确率来自大肠杆菌(E.coli)15× 覆盖度的数据。
基因大肠杆菌(E.coli)全基因组测序
测序流程
应用方向
宏基因组测序
全基因组的de novo测序
转录组测序
扩增子测序
重测序