发表时间: 2015-06-17 16:07:11
作者: 香港时代医疗集团
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Ion Torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪,是中等规模测序项目的最佳选择。目前应用在小基因组测序、扩增子重测序、靶向重测序、转录组/全外显子测序中。
Ion Torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪。该平台使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片,一个小孔就是一个测序反应池,孔底部带有感应器。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸的DNA链上时,会释放出一个氢离子,反应池中的PH发生改变,位于池下的离子感受器就会感受到信号,把化学信号直接转化为数字信号,从而读出DNA序列。与其它新一代测序仪相比,Ion Torrent平台不需要激发光、CCD成像仪及荧光标记,能直接并快速“读”出DNA序列,具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势,是中等规模测序项目的最佳选择。时代医疗目前拥有数十台中低通量的Ion Torrent PGM Systems和中高通量的Ion Torrent Proton Systems。
图1 Ion Torrent测序原理示意图 图2 Ion Torrent Platforms
性能参数
Ion Torrent PGM | Ion Torrent Proton | ||||
Chip Type | PGM 314 | PGM 316 | PGM 318 | Proton I | Proton II |
# of sensors | 1.3M | 6.3M | 11M | 165M | 660M |
Total output | 10-40Mb | 100-400Mb | ~1Gb | ~10Gb | ~100Gb |
Run time | 1-2 hrs | 1-2 hrs | 1-2 hrs | 2.5 hrs | 2.5 hrs |
Read length | up to 400bp | ~200bp | up to 400bp | ~200bp | ~200bp |
Total reads | up to 0.6M | up to 3M | up to 6M | 60-80M | 240-330M |
表1 Ion Torrent平台性能参数
技术特点
1、简单:基于半导体技术测序原理,不用荧光、化学发光和酶级联反应;消耗样本少;
2、快速:从文库构建到数据产出只需2天,上机测序只需2~3小时;
3、灵活性:可满足不同通量的测序需求。
314 TMChip(~10Mb/run),316 TMChip(~100Mb/run),318 TMChip(~1Gb/run),PI Chip (~10Gb/run),PII Chip (~100Gb/run)。
4、准确性:99.97%
测序流程
图3. Ion Torrent测序流程示意图
应用范围
1、小基因组测序(如:微生物和病毒的从头测序和重测序;线粒体测序等)
2、扩增子重测序(如:16S宏基因组测序)
3、靶向重测序
4、转录组/全外显子测序(Ion Proton)
图4. Ion Torrent平台应用范围
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