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IonTorrent平台

发表时间: 2015-06-17 16:07:11

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    Ion Torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪,是中等规模测序项目的最佳选择。目前应用在小基因组测序、扩增子重测序、靶向重测序、转录组/全外显子测序中。

    Ion Torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪。该平台使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片,一个小孔就是一个测序反应池,孔底部带有感应器。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸的DNA链上时,会释放出一个氢离子,反应池中的PH发生改变,位于池下的离子感受器就会感受到信号,把化学信号直接转化为数字信号,从而读出DNA序列。与其它新一代测序仪相比,Ion Torrent平台不需要激发光、CCD成像仪及荧光标记,能直接并快速“读”出DNA序列,具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势,是中等规模测序项目的最佳选择。时代医疗目前拥有数十台中低通量的Ion Torrent PGM Systems和中高通量的Ion Torrent Proton Systems。


图1 Ion Torrent测序原理示意图           图2 Ion Torrent Platforms


 性能参数



Ion Torrent PGM

Ion Torrent Proton

Chip Type

PGM 314

PGM 316

PGM 318

Proton I

Proton II
(~2014)

# of sensors

1.3M

6.3M

11M

165M

660M

Total output

10-40Mb

100-400Mb

~1Gb

~10Gb

~100Gb

Run time

1-2 hrs

1-2 hrs

1-2 hrs

2.5 hrs

2.5 hrs

Read length

up to 400bp

~200bp

up to 400bp

~200bp

~200bp

Total reads

up to 0.6M

up to 3M

up to 6M

60-80M

240-330M

表1 Ion Torrent平台性能参数

技术特点

1、简单:基于半导体技术测序原理,不用荧光、化学发光和酶级联反应;消耗样本少;

2、快速:从文库构建到数据产出只需2天,上机测序只需2~3小时; 

3、灵活性:可满足不同通量的测序需求。

314 TMChip(~10Mb/run),316 TMChip(~100Mb/run),318 TMChip(~1Gb/run),PI Chip (~10Gb/run),PII Chip (~100Gb/run)。

4、准确性:99.97%


测序流程

图3. Ion Torrent测序流程示意图

应用范围

1、小基因组测序(如:微生物和病毒的从头测序和重测序;线粒体测序等)

2、扩增子重测序(如:16S宏基因组测序)

3、靶向重测序

4、转录组/全外显子测序(Ion Proton)


图4. Ion Torrent平台应用范围


IonTorrent平台
Ion Torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪,是中等规模测序项目的最佳选择。目前应用在小基因组测序、扩增子重测序、靶向重测序、转录组/全外显子测序中。
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